Уборку акватеррариума удобно производить с помощью поролоновых губок для мытья посуды. Для чистки силикатного стекла рекомендуется использовать скребок с бритвенным лезвием, для оргстекла и других подобных материалов лучше взять старую пластиковую карту.

Также пригодятся хозяйственные, или «кухонные», щетки. После уборки все используемые предметы: губку, скребок, щетку и другие необходимо тщательно промыть и обработать. Хранить их нужно возле «своего» террариума, можно даже в самом террариуме, если по своим размерам они не слишком габаритные и не будут беспокоить животных. Благодаря этому, инструменты для уборки одного террариума никогда не перепутаются с подобными инструментами для других террариумов.

Поилки, водоемы и кормушки нужно мыть по мере загрязнения, а воду в поилках необходимо менять каждые 2-3 дня, потому что в застоявшейся воде усиленно размножаются разнообразнейшие бактерии. Кроме того, воду в поилках нужно обязательно менять перед кормлением животных. И для поилок, и для водоемов рекомендуется использовать отстоянную воду, выдержанную в закупоренных хорошо изолированных, емкостях. Так для поилок воду можно отстаивать в закупоренных пластиковых бутылках, для водоемов – в аквариумах, с плотно подогнанными крышками.