Порядок уборки, как и любые другие работы или манипуляции с животными, должен производиться в строгом, четко установленном порядке: сначала убирают у животных, здоровье которых не вызывает сомнений, затем у новых, только поступивших, а в самом конце у больных экземпляров.
Помимо обязательной уборки акватеррариума, которая производится с определенной периодичностью, иногда возникает необходимость внеочередного наведения порядка. Например, когда животное прогадилось в выносной водоем или поилку. В этом случае загрязненную воду надо сразу же удалить, вымыть ёмкость и наполнить её новой водой. Даже если животное прогадилось в воду сразу после окончания уборки, следует убрать сразу, не оставляя это на будущее. Особенно часто такое случается с питонами, моча которых сбрасывается в форме мочевого камня – невероятно едкого продукта, пропитывающего практически все поверхности, который невозможно удалить без специальной обработки.
Кроме того, внеочередная уборка требуется, если на поверхности водоема образовалась пленка жира, например, после кормления обитателей террариума жирным кормом. При этом пленку удаляют, воду подменяют, а фильтр промывают.